Základná škola s materskou školou Markušovce poskytuje základné vzdelanie žiakom na I. stupni v 1. - 4. ročníku podľa ŠkVP a iŠkVP v stupni ISCED 1, na II. stupni v 5.– 9. ročníku podľa ŠkVP a iŠkVP v stupni ISCED 2 .
V školskom roku 2017/2018 je na škole 39 tried so 610 žiakmi, z toho:
- v nultom ročníku je 5 tried so 60 žiakmi
- na I. stupni 21 tried ZŠ a 282 žiakov
- na II. stupni 15 tried ZŠ s 244 žiakmi
- 3 špeciálne triedy, ktoré navštevuje 24 žiakov,
- 13 tried I. stupňa má dvojzmenné vyučovanie
- 439 žiakov je zo sociálne znevýhodneného prostredia
- ďalších 46 žiakov si plní povinnú školskú dochádzku v zahraničí
Škola ponúka v stupni ISCED 1 voliteľné predmety Zábavná angličtina, Tvorivá dramatika, Poznaj a chráň, Cvičenia z matematiky, Detský svet v umení a Domov a práca. V stupni ISCED 2 ponúka voliteľné predmety Konverzácia v cudzom jazyku, Tvorivá dramatika, Bio-enviro, Praktiká z chémie, biológie, fyziky a geografie, Virtuálny svet, Cvičenia z matematiky a slovenského jazyka, Tvary umenia, Loptové hry a Domov a práca.
Škola je zapojená do národného programu podpory zdravia a realizuje projekt Svetovej zdravotníckej organizácie „Školy podporujúce zdravie“. Má vypracovaný projekt a aktualizovanú koncepciu environmentálnej výchovy a vzdelávania v ZŚ. V súlade s koncepciou výchovy k manželstvu a rodičovstvu škola má vypracovaný projekt a aktualizovaný plán výchovy k manželstvu a rodičovstvu samostatne pre I. a II. stupeň ZŠ. V oblasti opatrení proti šíreniu legálnych a nelegálnych drog v školskom prostredí pracuje koordinátor prevencie drogových závislostí, ktorý plní úlohy aktualizované pre školský rok 2016/2017 ako preventívny program školy.
V oblasti výchovy žiakov k tvorbe a ochrane životného prostredia je vypracovaný plán aktivít environmentálnej výchovy. Pre žiakov zo sociálne znevýhodneného prostredia škola zriaďuje nulté ročníky, v ktorých s vyučujúcimi spolupracujú dve asistentky učiteľa a dve pomocné vychovávateľky. Vo vyučovaní sa využíva pracovný materiál pre nultý ročník základnej školy, ISBN 80-8045-383-7, vypracovaný MPC Prešov. Škola vychováva a vzdeláva aj žiakov so zdravotným znevýhodnením, pre ktorých sú v rámci individuálnej integrácie vypracované individuálne výchovno-vzdelávacie programy v spolupráci s CPPP a CŠPP podľa aktuálnych individuálnych potrieb detí. V školskom roku 2017/2018 je individuálne začlenených 19 žiakov.
Súčasťou školy sú dve triedy materskej školy, ktoré navštevuje 44 detí, dve oddelenia školského klubu detí a školská jedáleň, ktorá pripravuje denne 260 obedov vrátane MŠ a zamestnancov a 450 balíčkov pre ZŠ .